gscan2pdf peut le faire. C'est un excellent logiciel. Il peut nettoyer les numérisations sans papier et déclencher l'OCR.
Xsane le prend également en charge, dans l'interface principale de Xsane, sélectionnez Multipage (ou Ctrl+M) au lieu de Viewer qui est la valeur par défaut. Il ouvre une nouvelle boîte de dialogue intitulée "Projet multipage xsane". Spécifiez l'emplacement où vous souhaitez enregistrer les images, cliquez sur "Créer un projet". Revenez à l'interface principale de Xsane et numérisez comme vous le feriez normalement, à la fin de chaque numérisation, il ajoute quelque chose comme image-000x à la boîte de dialogue "projet". Lorsque vous avez terminé avec vos documents, cliquez simplement sur "Enregistrer le fichier multipage".
gscan2pdf est aussi un bon logiciel, mais je préfère numériser les lots dans Xsane (semble plus clair) et importer les images avec gscan2pdf qui aide à créer des PDF plus petits.