Plusieurs raisons :
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Le schéma basé sur BCrypt n'est pas approuvé par le NIST.
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Les fonctions de hachage sont conçues pour ce type d'utilisation, alors que Blowfish ne l'était pas.
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La sécurité supplémentaire est que BCrypt est basé sur le fait qu'il est coûteux en calcul, plutôt que sur le type d'algorithme. S'appuyer sur des opérations coûteuses en calcul n'est pas bon pour la sécurité à long terme.
Voir http://en.wikipedia.org/wiki/Crypt_%28Unix%29 pour une discussion à ce sujet.
OpenSUSE 11.4 (au moins) utilise Bcrypt par défaut.