ntfsclone est génial. Je l'ai utilisé avec beaucoup de succès pour cloner des systèmes et à des fins de sauvegarde.
Si votre partition Windows n'utilise pas NTFS, dd devrait s'occuper de vous, bien que ce ne soit pas très efficace.
dd semblerait être le choix idéal ici. La commande ressemblerait à ce qui suit ... remplacez le périphérique et le fichier de sortie par ce que vous souhaitez.
dd if=/dev/sda1 of=~/windows.img
Il y a aussi partimage et ghost4linux. Mais pour quelque chose comme ça, les deux peuvent être exagérés et compliquer les choses.
Partimage
Certainement une bonne option http://www.partimage.org/Main_Page. Vous pouvez créer une image et la compresser pour économiser de l'espace disque, et elles peuvent être divisées en plusieurs fichiers à copier sur des CD/DVD. Les partitions peuvent également être enregistrées sur le réseau.