Une façon de le faire est d'utiliser xdotool, par exemple, à partir de la ligne de commande :
xdotool search --name "Old name" set_window --name "New name"
Cela recherche les fenêtres ouvertes qui contiennent le nom "Ancien nom" et change son nom en "Nouveau nom". Vous effectuez également une recherche par classe de fenêtre, PID et une variété d'autres choses. Voir la page de manuel de xdotool.
Il existe probablement d'autres façons de définir la même chose automatiquement lorsque le programme démarre en fonction du programme, et s'il utilise Qt, ou GTK, ou quoi.
Si la fenêtre en question est un xterm, vous pouvez utiliser une séquence d'échappement magique :
echo "^[]0;New name^G"
où ^[ est le caractère d'échappement et ^G est contrôle-G.
Si la fenêtre est le terminal Gnome, vous pouvez utiliser l'élément de menu "Terminal|Définir le titre".
Une autre façon de l'écrire est
echo "\033]0;New name\007"