Essayez de procéder de la manière la plus simple :
cp -a src target
à partir de man cp
-a, --archive
same as -dR --preserve=all
Il préserve les droits, les liens symboliques...
Ici, j'ai essayé tout le code de mon Linux. Semble Rsync proposé par @seanmcl comme le bon alors que d'autres n'ont pas réussi à garder les propriétaires et/ou des fichiers spéciaux ou un résultat refusé . Le code exact est :
$ sudo rsync -aczvAXHS --progress /var/www/html /var/www/backup
N'oubliez pas d'utiliser uniquement le nom du répertoire et de ne pas mettre de barre oblique (/ ) ou un caractère générique (/* ) à la fin de source et cible nom sinon les fichiers cachés juste en dessous de la source ne sont pas copiés.