"Je veux sortir le fichier entier dans un format unifié. Y a-t-il un moyen pour que diff puisse faire cela ?"
Oui.
diff -U 9999999 file1.txt file2.txt > diff.txt
Cela devrait fonctionner, à condition que vos fichiers fassent moins de 10 millions de lignes.
Une option qui pourrait vous convenir,
sdiff :comparaison côte à côte des fichiers.
sdiff -o merged.file left.file right.file
Une fois là-bas, il vous demandera quelles lignes vous souhaitez conserver à partir de quel fichier. Tapez ? puis enter pour un peu d'aide. Aussi man sdiff avec les marchandises détaillées.
(Dans ma distribution, ils sont fournis dans le package "diffutils" [fedora,centos])
Si vous avez besoin d'automatiser le processus, vous pouvez essayer l'utilitaire merge , qui marquera les conflits dans les fichiers. Cependant, cela pourrait vous ramener à la case départ.