Je viens de rédiger un guide pour faire fonctionner le copier-coller entre OS X et Ubuntu sur VirtualBox, car cela me frustrait. Peut-être utile à quelqu'un qui rencontre cette question :
http://blog.nostopbutton.com/2013/08/24/setup-copy-and-paste-between-os-x-and-linux-virtualbox/
Je viens d'avoir le même problème. Après vous être assuré que le partage du presse-papiers est activé, Ctrl+Maj+V pour coller dans le terminal dans debian.
Parfois, il est simplement plus facile d'ouvrir un terminal sur le Mac, puis de se connecter en SSH à l'invité VirtualBox. Cela évite beaucoup de soucis liés au changement de focus, etc.