Je ne sais pas ce qui est disponible pour R (j'ai entendu parler de REnv), mais pour Python, j'ai opté pour l'approche pragmatique selon laquelle chaque utilisateur est responsable de son propre environnement Python avec pyenv (idem pour Perl avec perlbrew et Ruby avec RVM ). De cette façon, les utilisateurs peuvent créer leur propre environnement optimal pour chaque projet sans mon aide (pyenv gère les installations Python et vous pouvez ensuite utiliser pip pour installer des modules locaux à cette installation Python spécifique).
Les packages système ne sont utilisés que pour les besoins du système.