Si votre distribution possède la version actuelle de TeXLive 2012 (comme les tests Debian, par exemple), vous pouvez effectuer une installation complète avec les packages officiels, ainsi que supprimer tous les texlive packages et faites une nouvelle installation en /usr/local en suivant l'une des options expliquées sur le site Web du groupe d'utilisateurs TeX, car cela autorise et installe/met à jour les packages TeX via leur propre gestionnaire de packages et de configuration (tlmgr ) au lieu de apt-get ou le gestionnaire de paquets de votre distribution (rpm , etc).
Si votre distribution a toujours une version obsolète comme probablement TeXLive 2009 dans Ubuntu, sans tlmgr , est préférable la deuxième option, car il y a des changements et des améliorations importants. (certains exemples intéressants que vous pouvez trouver sur ce site ne peuvent pas être compilés avec cette version).
Mélanger des fichiers avec ceux d'une installation MiKTeX a toutes les chances d'être source de problèmes. Comme indiqué dans cette réponse, installez des packages supplémentaires localement (~/texmf ), toujours selon le fichier readme, et lorsque vous avez vérifié dans CTAN (par exemple) que le paquet n'est pas dans TeXLive et donc vous ne pouvez pas installer avec le gestionnaire de paquets de Linux (comme apt-get ) ou TeXLive (tlmgr ).
Pour faire court :Ne le faites pas !
TeXLive et MiKTeX sont des distributions TeX différentes avec leur propre gestionnaire de paquets différent. Installez donc les deux distributions avec leur programme d'installation. Par exemple TeXLive utilise pearl que MikTeX ne peut pas utiliser de la même façon...
Si vous souhaitez utiliser des packages spéciaux sur les deux distributions, vous pouvez créer une arborescence texmf locale, installer les packages (en suivant les fichiers readme) dans votre arborescence texmf locale et utiliser cette arborescence texmf locale dans les deux distributions.