Remplacez chaque caractère d'espace blanc à la fin de chaque ligne par '_'

Avec GNU sed, remplacer tous les espaces à eol par un trait de soulignement :

sed ':x;s/ \( *\)$/_\1/;tx'  

Perl plus efficace :

perl -lpe 's/(\s+)$/"_" x length($1)/e' input.txt

qui n'a qu'à faire une substitution par ligne avec des espaces à la fin, au lieu de boucler.

Avec GNU awk pour le 3ème argument à match() et gensub() :

$ awk 'match($0,/(.*[^ ])(.*)/,a){$0=a[1] gensub(/ /,"_","g",a[2])} 1' file
foo bar_____
 foo bar oof
  line 3a___
  line fo a_

Avec n'importe quel awk :

$ awk 'match($0,/ +$/){tail=substr($0,RSTART,RLENGTH); gsub(/ /,"_",tail); $0=substr($0,1,RSTART-1) tail} 1' file
foo bar_____
 foo bar oof
  line 3a___
  line fo a_

Pour remplacer également les blancs de tête en modifiant la solution gawk ci-dessus :

$ awk 'match($0,/^( *)(.*[^ ])(.*)/,a){$0=gensub(/ /,"_","g",a[1]) a[2] gensub(/ /,"_","g",a[3])} 1' file
foo bar_____
_foo bar oof
__line 3a___
__line fo a_