Il se peut que, lorsque vous démarrez Linux, vous ayez laissé Windows dans un état de veille/hibernation plutôt que de l'éteindre. (Windows10 est notoirement résistant à l'arrêt correct.) Windows peut conserver une partie du système de fichiers en mémoire cache (c'est-à-dire le fichier d'échange) et ne s'attend pas à ce qu'un autre système d'exploitation ait modifié le disque.
Essayez de comprendre comment vraiment fermez Windows.
Les versions récentes de Windows incluent des optimisations de démarrage qui impliquent la mise en cache des données du disque ailleurs que sur ce même disque, ce qui provoque le comportement que vous avez trouvé lorsque le disque est accédé par un système d'exploitation différent.
Vous pouvez utiliser la stratégie de groupe Désactiver les optimisations de démarrage et de reprise (situé dans Computer Configuration\Administrative Templates\System\Disk NV Cache) qui devrait faire en sorte que Windows stocke uniquement les fichiers qui se trouvent sur leur partition. Il existe également d'autres paramètres de mise en cache non volatile disponibles, mais celui-ci devrait résoudre votre problème.