Pour faire simple :
- Entre FAT et FAT32, choisissez simplement FAT32.
- Entre NTFS et FAT32, si vous utilisez le lecteur uniquement sous Windows, utilisez NTFS. Dans tous les autres cas, utilisez FAT32.
Pourquoi NTFS pour Windows ?
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NTFS (New Technology File System) a été introduit par Windows et est pris en charge depuis les premières versions de Windows. C'est donc devenu une sorte de truc Windows.
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Est le système de fichiers natif pour Windows NT, Windows 2000 et Windows XP.
- Permet l'indexation qui améliore la recherche de fichiers (généralement plus rapide) ; provoque un léger impact sur les performances (peut être désactivé).
- Dispose d'une meilleure sécurité, comme le cryptage des fichiers (non pris en charge par l'édition Familiale de Windows XP) et les règles d'accès par utilisateur (vous pouvez empêcher votre femme de voir le dossier porno !)
- Prend en charge les quotas d'utilisateurs (empêche les tykes de télécharger trop de fichiers MP3)
- A une compression par fichier.
- Est journalisé, ce qui réduit la perte de données (ScanDisk inutile au démarrage).
- Utilise les noms de fichiers Unicode (autorise les caractères étrangers et étendus) et prend en charge de manière native les noms de fichiers longs.
- Prend en charge les fichiers plus volumineux que FAT (plus de 4 Go).
- Autorise des tailles de volume plus importantes (supérieures à 1 To). On parle d'une limite théorique de 16 exaoctets, et jusqu'à 2 téraoctets.
- Format pris en charge sur les disques dynamiques (pas de disques dynamiques sur Windows XP Édition familiale).
- Fonctionne bien avec les grands caches (systèmes de plus de 96 Mo).
- Meilleures performances sur des volumes d'environ 20 Go et plus
- Est plus économe en espace sur les gros volumes (supérieurs à 8 Go).
- Résistant à la fragmentation.
Pourquoi FAT32 pour Linux ?
- FAT32 fonctionne bien presque partout. [FAT32 n'est même pas le système de fichiers par défaut sous Linux (contrairement à NTFS et Windows)]
Windows formate les clés USB en NTFS par défaut, FAT est vraiment ancien, et le type de système de fichiers que vous souhaitez utiliser dépend de vos besoins.
NTFS
- Prend en charge les fichiers de plus de 4 Go
- Peut exécuter Windows 8 Live
- UNetbootin ne le fait pas prend en charge NTFS et refuse d'utiliser des lecteurs formatés en NTFS.
FAT32
- Les fichiers doivent être inférieurs à 4 Go
- Linux Live fonctionne
Sachez que vous pouvez avoir plusieurs partitions sur votre périphérique USB et ainsi vous pouvez avoir une partition NTFS et une partition FAT32.
Je recommande d'utiliser UDF, qui présente à peu près les mêmes avantages que NTFS mentionné dans la réponse de @Hele. La principale raison d'utiliser UDF au lieu de NTFS est la compatibilité OS X. OS X ne peut que lire mais pas écrire sur les partitions NTFS. UDF est bien pris en charge, en lecture-écriture, sur Windows¹, OS X et Linux.
Pour formater un disque en UDF, voir :
- Utiliser UDF sur une clé USB
- Comment formater une clé USB en UDF sous Windows 7 ?
¹ Sauf Windows XP, qui prend en charge UDF en lecture seule