Il n'y a aucun moyen de copier exactement les fichiers NTFS, en passant par Linux. Même Wine, la couche de compatibilité Windows sur Linux, fonctionne en convertissant les autorisations dans les deux sens entre Linux et Windows, et est donc limité à leur (plutôt petit) plus petit dénominateur commun .
La seule solution que je vois est d'exécuter Windows sur Linux à l'intérieur d'une machine virtuelle (ou physique).
Je crois que vous avez mentionné cette possibilité dans votre message et que vous préféreriez l'éviter, mais je ne vois pas d'autre possibilité. Seul Windows peut copier exactement les fichiers NTFS; Linux n'est capable que de copier des partitions NTFS.
Cet article peut vous aider : Comment installer et exécuter Microsoft Windows gratuitement sur Linux, à l'aide de machines virtuelles gratuites mises à disposition en téléchargement par Microsoft.