J'ai installé R séparément et je peux faire :
InstallR["RHomeLocation" -> "/usr/lib64/R"]
Je suis capable d'exécuter les exemples fournis dans la documentation. J'utilise Fedora 17 64 bits.
J'ai également eu ce problème sur Ubuntu 12.04, mais cette solution ne m'a pas aidé. Je pense que je l'ai résolu cependant. Je soupçonne que plusieurs de mes étapes étaient inutiles (ou inutilement alambiquées), mais voici :
Tout d'abord, rendez exécutables le script de lancement R et le binaire installé par Mathematica. Je ne sais pas si Mathematica les exécute réellement, mais cela m'a permis de les tester.
cd ~/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R/bin
chmod +x R
cd exec
chmod +x R
cd ..
gedit Rou n'importe quel éditeur de texte. Le script du lanceur contenait de nombreuses références à "/Developer/leonids/" codées en dur dans les chemins. J'ai remplacé les lignes suivantes :
04 R_HOME_DIR=/home/{my username}/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R
35 R_SHARE_DIR="${R_HOME_DIR}/share"
37 R_INCLUDE_DIR="${R_HOME_DIR}/include"
39 R_DOC_DIR="${R_HOME_DIR}/doc"Après cela, R ne fonctionnait toujours pas depuis la ligne de commande; il s'est plaint de ne pas avoir libg2c.so.0. Ce n'est disponible dans aucune distribution Ubuntu actuellement maintenue, mais j'ai trouvé un RPM :compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm.So,
sudo alien compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm
sudo dpkg -i compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.debR a continué à se plaindre de l'absence de libg2c.so.0. Il s'est avéré qu'il était au mauvais endroit, car Fedora 64 bits et Ubuntu conservent leurs bibliothèques à des endroits différents.
sudo cp /usr/lib64/libg2c.* /usr/lib/Voilà ! R fonctionne maintenant à partir de la ligne de commande, et RLink fonctionne également.
Incidemment, il semble que libg2c soit fondamentalement obsolète maintenant, donc idéalement, il serait supprimé en tant que dépendance au profit d'un environnement d'exécution FORTRAN plus moderne, par exemple. gfortran.
Ce que je soupçonne, c'est que votre version de Linux soit manque de certaines bibliothèques que nous considérions comme standard, soit a des versions de ces bibliothèques qui sont en conflit avec certaines de celles que nous livrons avec la distribution R interne. Malheureusement, il n'est pas facile de diagnostiquer exactement quelles bibliothèques posent problème, mais je vais essayer de suivre cela.
La situation avec Linux est actuellement la suivante :nous avons fait de notre mieux pour tester différentes distributions Linux, mais le fonctionnement de la distribution R par défaut de RLink est tel que sur certaines distributions Linux, il peut y avoir des conflits de version de bibliothèque, car nous avons dû augmenter la distribution R avec des bibliothèques dépendantes supplémentaires.
Nous avons testé sur CentOS 5, et aussi sur Ubuntu. Je viens de re-tester et RLink fonctionne pour moi sur Ubuntu 10.04 32 bits fonctionnant sur la boîte virtuelle (VMWare). Et ce n'est certainement pas Java, puisque RLink utilise la JVM fournie avec Mathematica. Ce que nous allons faire pour Linux, c'est collecter divers problèmes de ce type et essayer de les résoudre du mieux que nous pouvons. Cependant, certains problèmes sont inhérents au fait que Linux a de nombreuses saveurs différentes avec des bibliothèques de base quelque peu différentes.