J'ai également remarqué ce bogue, bien que les boutons/menus déroulants continuent de fonctionner, pour moi, seuls les curseurs ne répondent plus après la suspension (Ubuntu 12.10/Mathematica 9.0.0.0 x86 64 bits).
Une solution de contournement possible consiste donc à modifier tous les contrôles de paramètres en boutons/menus déroulants en fournissant une liste finie de valeurs que le paramètre est autorisé à prendre :
Manipulate[Plot[a x, {x, -3, 3}, PlotRange -> {-1, 1}], {a, Range[-2,2,.5]}
Espérons que quelqu'un chez Wolfram remarque ce fil ! Avez-vous déjà déposé un rapport de bogue ?