Le répertoire "Wolfram Mathematica" est créé automatiquement par le front-end et se trouve dans $UserDocumentsDirectory .
C'est le répertoire par défaut pour enregistrer les nouveaux documents et il est également sur TrustedPath .
L'emplacement typique pour les systèmes Linux est $HOME/Documents , cependant il peut arriver de se rabattre sur $HOME en fonction du paramètre des répertoires d'utilisateurs Xdg. Cela peut être changé par
xdg-user-dirs-update --set DOCUMENTS AnyDesiredDirectoryce qui peut empêcher le comportement d'encombrement du répertoire personnel en utilisant un autre emplacement.
Effectivement c'est embêtant. Dans mon ~/.Mathematica/Kernel/init.m J'ai placé ce code de suppression :
With[{dir = $UserDocumentsDirectory <> "/Wolfram Mathematica"},
If[DirectoryQ[dir], DeleteDirectory[dir]]
]