Utilisez la substitution de sed :sed 's/"//g' 
 s/X/Y/ remplace X par Y.
 g signifie que toutes les occurrences doivent être remplacées, pas seulement la première.
En utilisant juste awk, vous pourriez faire (j'ai aussi raccourci une partie de votre tuyauterie):
strings -a libAddressDoctor5.so | awk '/EngineVersion/ { if(NR==2) { gsub("\"",""); print $2 } }'
 Je ne peux pas le vérifier pour vous car je ne connais pas votre saisie exacte, mais ce qui suit fonctionne :
echo "Blah EngineVersion=\"123\"" | awk '/EngineVersion/ { gsub("\"",""); print $2 }'
 Voir aussi cette question sur la suppression des guillemets simples.
 tr peut être plus concis pour supprimer des caractères que sed ou awk , en particulier lorsque vous souhaitez supprimer plusieurs caractères différents d'une chaîne.
Suppression des guillemets :
echo '"Hi"' | tr -d \"
# Prints Hi without quotes
 Suppression de différents types de parenthèses :
echo '[{Hi}]' | tr -d {}[]
# Prints Hi without brackets
 
 -d signifie "supprimer".