Les descripteurs de fichiers sont partagés entre les threads. Si vous voulez des décalages "spécifiques à un thread", pourquoi ne pas faire en sorte que chaque thread utilise un descripteur de fichier différent (open(2) plusieurs fois) ?
Non, il n'y a qu'une seule table de descripteurs de fichiers par processus, et elle est partagée entre tous les threads.
À partir de la description de votre problème, vous voudrez peut-être examiner les fonctions pread() et pwrite().