Solution 1 :
Remmina est un client GTK+ RDP :
Interface à onglets, éventuellement gérée par groupes
Possède une applet de panneau Gnome, un support de tunnel SSH, etc.
Solution 2 :
Je ne connais aucun client RDP qui ferait cela dès le départ MAIS ...
Certains gestionnaires de fenêtres plus avancés vous permettent de regrouper toutes les fenêtres. Par exemple, Fvwm peut le faire avec FvwmTabs. Je vous conseille d'essayer awesome et son module tabulous. Il pourrait avec un peu d'onglet de configuration multiplier les fenêtres rdesktop en une seule.