comment insérer une nouvelle ligne si une ligne a plus de 60 caractères

Essayez :

$ awk '{print $1; for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)}' file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Comment ça marche :

print $1

Cela imprime le premier champ de la ligne.
for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)

Pour le deuxième champ sur la ligne, nous imprimons 60 caractères à la fois jusqu'à ce que nous atteignions la fin du champ.

Vous pouvez utiliser GNU coreutils fold :

fold -w60 file