Ok, j'ai trouvé la solution à mon propre problème.
Par défaut, CygwinX n'écoute plus les connexions tcp (Cyg SSH utilise les sockets Unix pour se connecter). Pour activer les connexions tcp, "-listen tcp" doit être ajouté aux paramètres de la ligne de commande. Dans mon cas, j'ai changé l'icône "XWin Server" pour lire :
C:\cygwin64\bin\run.exe --quote /usr/bin/bash.exe -l -c "cd; /usr/bin/startxwin -- -multiwindow -listen tcp"