Il y a Exherbo, qui utilise plusieurs référentiels Git pour stocker ses exheres (son terme pour les recettes de construction similaires aux ebuilds de Gentoo ou aux ports de BSD). C'est quand même une distribution assez jeune.
Mise à jour : Gentoo a récemment migré vers Git pour son référentiel de packages. Cependant, je ne pense pas qu'il soit encore configuré pour que les utilisateurs normaux obtiennent des mises à jour via Git (bien que je pense qu'il est prévu de le permettre).
Funtoo, un fork de Gentoo, utilise un arbre de portage basé sur Git. Les ebuilds de Gentoo sont périodiquement importés, vous bénéficiez donc toujours de tous les avantages de sa merveilleuse collection d'ebuilds.