La solution simple consiste à placer votre commande dans un script, puis à donner à vos utilisateurs l'accès au script via sudo.
user ALL = (root) NOPASSWD: /path/to/yourscript
Alors
#/bin/bash
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Assurez-vous que vos utilisateurs n'ont pas accès en écriture à votre script.
edit :Attention, il semble que sudo ne gère pas en toute sécurité les espaces dans la commande, il n'est donc pas sûr d'utiliser sudo de cette manière. https://unix.stackexchange.com/a/279142/39281
Au lieu d'utiliser des guillemets dans le fichier sudoers, vous pouvez échapper aux espaces en utilisant une barre oblique inverse :
user ALL = (root) NOPASSWD: chroot /chroots/box /bin/bash -c cd\ /repos/system\ &&\ git\ pull
Vous pouvez toujours l'utiliser comme suit, car le shell de l'utilisateur gère de toute façon l'argument entre guillemets :
chroot /chroots/box /bin/bash -c 'cd /repos/system && git pull'
Personnellement, j'aime l'autre réponse, pour la mettre dans un script, mais cela répond à la vraie question.