J'ai réussi à résoudre ce problème après avoir posté la question.
Il s'avère que le /etc/shadow les entrées pour les utilisateurs de mot de passe MD5 concernés avaient en quelque sorte eu le champ après la duplication du mot de passe haché, empêchant PAM d'interpréter la ligne. En d'autres termes, un mauvais travail de copier-coller.
Je n'ai pas assez bu de café...
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