J'ai rencontré le même problème. J'avais installé sqlite 3.28.0, mais j'obtenais la même erreur lors de la migration.
en vérifiant la sortie de l'erreur, j'ai pu voir que la ligne 63 du fichier base.py a déclenché l'exception en raison de l'appel de la fonction sqlite_version_info.
vous pouvez voir la spécification sur ce lien :spécification DB-API 2.0
sqlite3.sqlite_version_info
"Le numéro de version de la bibliothèque d'exécution SQLite, sous la forme d'un tuple d'entiers."
La solution que j'ai trouvée après quelques tests était de définir LD_LIBRARY_PATH avec le chemin vers le nouveau sqlite :
exporter LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib"
Après avoir défini cette variable, vous pouvez vérifier le résultat avec un petit script python :
from sqlite3 import dbapi2 as Database
print(Database.sqlite_version_info)
et le résultat devrait ressembler à ceci :(3,28,0)
Avec cette approche, j'ai pu migrer et continuer la configuration de Django. Je mettrai à jour ce message au cas où je trouverais d'autres solutions. J'espère que cela vous aidera