Lorsque vous démarrez le serveur MySQL, vous pouvez spécifier --datadir, vous pouvez donc probablement écrire quelque chose pour que MySQL utilise les données sur la clé USB.
Si vous faites une sorte de développement léger de cette manière, je vous recommande d'utiliser sqlite plutôt que mysql. Vous pouvez simplement copier le fichier sans vous soucier de la base de données. SI vous avez une couche d'abstraction de base de données, cela peut être fait assez facilement.