Pour les personnes qui viendront ici à l'avenir, le problème était que j'utilisais MongoDB 4.0 en local et le serveur était en 4.2 :
À partir de la version 4.2, mongodump utilise le format Extended JSON v2.0 (Canonical) pour les fichiers de métadonnées. Pour analyser ces fichiers pour la restauration, utilisez la version 4.2+ de mongorestore qui prend en charge le format Extended JSON v2.0 (mode canonique ou détendu). programme/mongodump][1]
source :https://dba.stackexchange.com/questions/250312/failed-to-restored-indexes-using-mongorestore-mongodb