Il existe un bit "immuable" pour les fichiers.
Les programmes (même exécutés en tant que root) ne pourront pas altérer le fichier. Bien sûr, root peut annuler le bit, mais la plupart des programmes (en particulier ceux qui ne sont pas malveillants) ne le dépasseront pas.
Réglez-le avec
sudo chattr +i file
vous devriez avoir les droits root
sudo chattr +i file