en supposant que votre bon fichier de configuration est /etc/my.cnf (ce qui ne l'est peut-être pas), éditez votre fichier d'initialisation mysql et ajoutez --init-file /etc/my.cnf à la commande mysqld pour vous assurer qu'il est bien en train de lire à partir du fichier init que vous pensez lire.
Comprendre les fichiers /proc/mounts, /etc/mtab et /proc/partitions