Solution 1 :
Enfin j'ai trouvé le problème.
J'ai pensé que le processus 1 (systemd) a été lancé avec --switched-root et --désérialiser .Et comme je l'ai trouvé dans ce lien, il semble qu'il y ait des paramètres internes qui tentent de recharger un état précédemment enregistré.
J'ai fait un kill -9 sur le processus 1 et maintenant le systemd apparaît sans la racine commutée et systemctl fonctionne à nouveau avec ou sans redémarrage.
Solution 2 :
Deux solutions alternatives au problème :
1- redémarrer avec
systemctl --force --force reboot
ou
2- sans redémarrage, juste en déplaçant les fichiers de session
mv /run/systemd/system/session-*.scope /tmp/