Comment réinitialiser les fichiers /var/lib/mysql ?

Vous devriez pouvoir simplement exécuter mysql_install_db depuis la ligne de commande

mysql_install_db initialise le répertoire de données MySQL et crée les tables système qu'il contient, si elles n'existent pas. Il initialise également l'espace de table système et les structures de données associées nécessaires à la gestion des tables InnoDB. Depuis MySQL 5.6.8, mysql_install_db est un script Perl et peut être utilisé sur n'importe quel système sur lequel Perl est installé. Avant 5.6.8, il s'agissait d'un script shell et n'était disponible que sur les plates-formes Unix.

Veuillez lire la documentation MySQL dans son intégralité pour mysql_install_db , alors ...

ESSAYEZ-LE !!!

Si cela ne fonctionne pas du premier coup, faites ceci

mkdir /var/lib/mysql
mkdir /var/lib/mysql/mysql
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql 

puis exécutez mysql_install_db à nouveau

Pour MySQL 5.7> juste :

# Move or remove the original dir
mv /var/lib/mysql /tmp/mysql

# Create a new dir
mkdir /var/lib/mysql

# Change owner to mysql (user and group)
chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

# Create MySQL initial data
mysqld --initialize