J'ai réussi à reproduire à nouveau le problème et c'était le résultat d'un gros cache disque. Mes caches de disque peuvent atteindre plus de 8 Go et il semble que certaines applications ne l'aiment pas et que les E/S en souffrent.
Suppression des caches disque avec echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches comme racine remédie au problème. Je ne sais actuellement pas pourquoi les caches de disque volumineux provoquent cette dégradation des E/S.
Dernière mise à jour : Après une enquête plus approfondie, j'ai découvert que le nombre de fichiers dans le cache déclenchait le problème. Il détruisait les disques tout en essayant de remettre de nombreux petits fichiers sur le disque. Comme j'utilisais le système depuis dix ans, j'ai franchi le pas et réinstallé avec Debian 64 bits. Maintenant ça marche bien. C'était probablement un effet secondaire de dix ans de mise à niveau avec la découverte des limites du système d'exploitation 32 bits.
Y a-t-il des messages suspects dans dmesg ?
Quelques autres outils que vous pourriez essayer pour mieux comprendre les goulots d'étranglement de votre système :
- dstat
- latencytop
- sysprof