Jetez un œil sur Linux From Scratch, LFS, ils ont un tutoriel qui vous apprend à construire votre propre système Linux, une fois que vous avez compris que vous pouvez sélectionner un gestionnaire de packages et un ensemble de packages, créant ainsi votre propre distribution.
Une chose pour rendre la réponse un peu plus complète, ArchLinux est une distribution Linux qui utilise presque 100% de packages vanille. Cela signifie que presque aucun correctif n'est effectué par les gestionnaires de distribution. De plus, il n'a pas d'ensemble de packages par défaut comme le font les distributions *buntu.
Ces caractéristiques font d'Arch une distribution très personnalisable. C'est votre "propre distribution" dans le sens où c'est votre propre configuration. Mais pas comme dans LFS où c'est votre propre noyau, modules, packages...
Le projet Yocto est un "constructeur de distribution".
Il existe une documentation complète et un constructeur graphique, appelé Hob.
Mise à jour à partir de 2017
Selon le site Yocto, le projet Hob est obsolète et le remplaçant s'appelle Toaster.
Une partie de la réponse dépend de ce que vous entendez par votre propre distribution. si vous voulez dire une version de Linux personnalisée à vos propres fins pour que vous puissiez l'utiliser sur vos propres machines, ou même dans votre propre bureau, il existe quelques outils assez sympas qui vous permettent de personnaliser les distributions existantes qui fonctionnent.
http://www.centos.org/docs/5/html/Installation_Guide-en-US/ch-kickstart2.html couvre les installations kickstart de CentOS (s'applique également à Scientific, Fedora et RedHat.) Il y a aussi http://susestudio .com/ qui vous permet de créer un disque d'installation personnalisé de SuSe Linux, ce qui signifie que vous pouvez obtenir les packages que vous souhaitez installer dès le départ. L'avantage de cette méthode, plus encore avec le kickstart, est que vous pouvez choisir des packages individuels et laisser de côté tout ce dont vous ne voulez pas vous soucier, mais aussi bénéficier des avantages de savoir que des packages mis à jour seront disponibles et fonctionneront sans une quantité importante de tests et de frais généraux de votre part.
Si vous cherchez simplement à lui donner l'apparence que vous souhaitez, des écrans de démarrage personnalisés, des logos, etc., il existe une tonne de guides disponibles pour effectuer ce type de modifications.
Maintenant, si vous voulez vraiment avoir des écrous et des boulons et vraiment faire votre propre truc, alors la suggestion de @vfbsilva de regarder LFS est irremplaçable. Vous apprenez vraiment comment les choses s'assemblent et quelles sont les exigences pour faire de Linux... eh bien, Linux. Cependant, le faire plusieurs fois était juste suffisant pour que je réalise personnellement que je ne voulais pas avoir à reconstruire chaque paquet contenant une mise à jour de sécurité publiée chaque semaine. :)