Il existe un certain nombre de facteurs qui peuvent ralentir ou accélérer une horloge logicielle. Les horloges sur les serveurs virtuels sont particulièrement sujettes à toute une classe de ces problèmes. 12 secondes par jour, c'est assez mauvais jusqu'à ce que vous tombiez sur des boîtes virtuelles avec des horloges qui tournent à 180-200 % de vitesse ! Les horloges des ordinateurs portables qui s'interrompent peuvent également souffrir de problèmes de chronométrage.
Vous devriez envisager de supprimer ntupdate en faveur de ntpd . Le nom du paquet est ntp sur Debian (et probablement Ubuntu aussi). Le démon NTP synchronise votre temps de manière beaucoup plus proactive qu'un travail cron, en se synchronisant avec un ou plusieurs autres serveurs NTP et en gardant votre horloge beaucoup plus précise. C'est une autre implémentation du même protocole ntpdate utilisations, sauf ntpd surveille l'heure en permanence.
Si vous ne voulez pas la (très petite) surcharge de ntpd , vous pourriez envisager d'exécuter ntpdate une fois par heure. En supposant que vous avez 0,5 seconde de retard par heure, cela devrait être suffisant.