Je pense avoir trouvé la réponse. Sur mon système, "xdg-mime query filetype ..." utilise la commande "file" pour obtenir le type de fichier, tandis que sur Ubuntu, il utilise "gnomevfs".
Il semble que la commande "file" ne vérifie pas les entrées xml de shared-mime-info, mais regarde dans le fichier "/user/share/file/magic" pour obtenir le type MIME du fichier.
Si j'utilise la commande "fichier" sur Ubuntu, il ne peut pas non plus me dire le bon type MIME.
Je vais étudier comment éditer ce fichier magique.