Puisque vous avez demandé les meilleures pratiques :la meilleure est de ne pas installer de logiciels qui ne se trouvent pas dans les référentiels. Si ce n'est pas possible, la meilleure pratique consiste à créer des packages à partir de celui-ci et à utiliser le gestionnaire de packages système pour les gérer.
Vous devrez trouver un moyen de vérifier les mises à jour importantes, mais la façon dont vous le faites dépend de vous. Mais s'ils sont là, vous devez reconstruire et mettre à jour à partir des nouveaux packages.
Avez-vous essayé checkinstall (c'est dans le dépôt Debian) ?
Au lieu d'utiliser make install vous pouvez utiliser checkinstall et il créera (et installera) un package avec le logiciel afin que vous puissiez le suivre à l'aide de votre gestionnaire de packages.