Oui, c'est sûr. Il n'y a rien d'intrinsèquement dangereux à avoir un répertoire caché sous /etc. La seule raison pour laquelle rkhunter le signale est qu'il est rare que des programmes légitimes le fassent, et lorsque des logiciels malveillants le font, il est moins probable que vous le remarquiez autrement.
Il est sûr dans le sens où non, il ne rendra pas le système instable, ni ne le rendra vulnérable du point de vue de la sécurité.
Cela dit, comme le souligne MechMK1, la seule raison d'utiliser des répertoires cachés est de ne pas remplir les répertoires d'utilisateurs avec des peluches dont ils ne se soucient pas. Le /etc répertoire, d'autre part est signifié pour contenir de telles peluches, donc je ne vois pas pourquoi vous voudriez le cacher.
Pour cette raison, ce n'est pas un attendu action et rkhunter le signale comme quelque chose de suspect que seuls les logiciels malveillants feraient. Mais vous pouvez tout à fait le faire aussi, si vous le souhaitez.