Il est possible de supprimer les lignes dupliquées qui sont déjà dans .bash_history en exécutant
nl ~/.bash_history | sort -k 2 -k 1,1nr| uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > unduped_history
suivi de
cp unduped_history ~/.bash_history
Je recommanderais également de mettre ce qui suit dans votre ~/.bashrc :
export HISTCONTROL=ignoreboth:erasedups