Essayez msiextract, https://live.gnome.org/msitools
Et ouvrez les bugs !
Bien que cela ne vous aide pas immédiatement, lessmsi travaille sur une version Linux native. Il préserve la structure des répertoires comme vous le souhaitez, il vaut donc la peine de vérifier si cela va être un problème à long terme pour vous. Malheureusement, la prise en charge de .msi sous Linux semble assez rare, donc lessmsi ou msiexec via wine pourrait être votre seule option immédiate, même si (comme vous l'avez dit) wine est une dépendance assez lourde pour l'extraction d'archives.