Comme Lou l'a mentionné, essayez mkvmerge comme ceci (depuis la ligne de commande) :
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
N'oubliez pas que le format de conteneur WebM est un sous-ensemble strict de Matroska, donc les outils Matroska fonctionneront sur les fichiers WebM. Essayez mkvmerge (fourni avec mkvtoolnix) pour remuxer les fichiers sans réencodage. Le résultat peut être satisfaisant ou non pour vos besoins, mais mkvtoolnix est mature et sous licence GPLv2, et vaut bien un essai. Il y a même une interface graphique mkvmerge.