Ah je viens de découvrir vimdiff. Il fait à peu près ce que je cherchais. voici un guide rapide
Vous pouvez utiliser vim -d file1 file2 pour ça.
sdiff , un outil de ligne de commande classique qui affiche côte à côte les différences entre les fichiers texte, dispose également d'un mode de fusion interactif. Utilisez-le en courant
$ sdiff -o output.txt input1.txt input2.txt
C'est l'outil de fusion de ligne de commande interactif par défaut utilisé par l'utilitaire etc-update de Gentoo Linux.
Avantages par rapport à vimdiff sont une disponibilité omniprésente et une manipulation beaucoup plus simple.