evince 2.30 peut au moins ouvrir deux fenêtres séparées pour le même document PDF. Ouvrez un fichier PDF, puis choisissez Fichier->Ouvrir une copie. Vous avez maintenant le même document dans deux fenêtres.
C'est une réponse un peu étrange, mais Konqueror (le navigateur universel par défaut pour KDE) peut faire ce que vous voulez. Vous voyez, Konqueror n'est pas seulement un navigateur Web ou simplement un navigateur de fichiers - c'est un navigateur pour tout type de données pour lesquelles il existe un KPart (où un KPart est un type de composant que KDE peut comprendre et intégrer des lieux - des choses comme les Konsoles, les fenêtres Kate, et -- ce qui est intéressant à cette occasion -- les visualiseurs KPDF).
Ainsi, comme Konqueror a une vue fractionnée, vous obtenez automatiquement et gratuitement un lecteur PDF affichable en plusieurs parties. Ouvrez simplement une fenêtre Konqueror, divisez sa vue et ouvrez le PDF dans chaque volet. Chacun peut défiler indépendamment l'un de l'autre, etc.
Vous disposerez de certaines des fonctionnalités de base de la navigation dans les PDF, mais pas d'autres - les KParts ne sont pas censés être des applications complètes. Ainsi, vous ne pourrez pas (par exemple) annoter le PDF dans Konqueror comme vous le feriez dans Okular, par exemple. Mais tant que vous ne voulez qu'un visionnage de base, cela suffira :)
KParts et toute la modularité du framework KDE permettent, à mon avis, des trucs plutôt sympas.
Emacs 23 (et les versions antérieures avec le package doc-view.el obtenu séparément) peut ouvrir et afficher de manière transparente les fichiers PDF. Et en utilisant le support de fenêtre fractionné habituel (C-x 2), vous pouvez afficher deux parties différentes du même document dans la même fenêtre.
Je doute que cela soit aussi facile à utiliser que d'ouvrir deux fois un PDF normal, mais cela fait exactement ce que vous demandez.