Si la méthode de @randomwalker ne fonctionne pas pour vous, ce qui ne fonctionnera pas à chaque fois que votre script sera exécuté dans un shell plus basique tel que sh, alors vous avez deux options.
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Ajoutez ceci à votre script :
eval $(conda shell.bash hook) -
Appelez votre script avec :
bash -i <scriptname>afin qu'il s'exécute dans votre environnement interactif.
J'ai résolu le problème grâce au commentaire de @darthbith.
Depuis le conda est une fonction bash et les fonctions bash ne peuvent pas être propagées à des shells indépendants (par exemple, ouvertes en exécutant un script bash), il faut ajouter la ligne
source /opt/anaconda/etc/profile.d/conda.sh
au script bash avant d'appeler les commandes conda. Sinon bash ne saura rien pour conda.