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incapable d'exécuter 'x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc' :aucun fichier ou répertoire de ce type (installation pysam)

Vous pouvez également recevoir la même erreur lors de l'installation de certains packages R si R a été installé à l'aide de conda (comme je l'avais fait).

Ensuite, installez simplement le package en exécutant :conda install gxx_linux-64 pour avoir cette commande disponible.

Source :https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808


Il semble qu'Anaconda ait une nouvelle version (4.3.27) qui définit le chemin du compilateur C sur un exécutable inexistant (un bogue assez embarrassant; je suis sûr qu'ils le corrigeront bientôt). J'ai eu un problème similaire avec l'installation de pip en utilisant le dernier Miniconda, que j'ai corrigé en utilisant la version 4.3.21 et en m'assurant que je ne faisais pas quelque chose comme conda update conda .

Voir https://repo.continuum.io/miniconda/ qui a les dates de sortie et les versions.


Il devrait maintenant être sûr de mettre à jour conda. Ceci est corrigé dans les packages python suivants pour Linux-64 :

  • python-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
  • python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
  • python-2.7.13-hac47a24_15.tar.bz2
  • python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

Le problème était comme l'a décrit Jon Riehl - nous (Anaconda, anciennement Continuum) construisons tous nos packages avec un nouveau package GCC que nous avons créé à l'aide de crosstool-ng. Ce paquet n'a pas gcc, il a un préfixe gcc - la commande manquante que vous voyez, x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc . Cela est intégré à python, et toute extension construite avec ce python recherche ce compilateur. Nous avons résolu le problème en utilisant la variable _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME qui a été ajoutée à python 3.6. Nous avons rétroporté cela sur Python 2.7 et 3.5. Vous ne verrez désormais que python utiliser les compilateurs par défaut (gcc), et vous devez définir le _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME sur le nom de fichier approprié pour que les nouveaux compilateurs soient utilisés. La définition de cette variable est quelque chose que nous mettrons dans les scripts d'activation du package du compilateur, vous n'aurez donc jamais à vous en soucier. Cependant, cela peut nous prendre un jour ou deux pour obtenir de nouveaux packages de compilateur, alors publiez les problèmes sur le suivi des problèmes de conda-build si vous souhaitez utiliser les nouveaux compilateurs et avez besoin d'aide pour démarrer.

Les modifications de code pertinentes se trouvent à :

  • py27 :https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-2.7.14
  • py35 :https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-3.5
  • py36 :https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock

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