J'ai eu le même problème, vous avez probablement installé numpy sans Anaconda, donc il y a un conflit à cause de cela, quel numpy utiliser :celui installé avec pip ou avec conda. Lorsque j'ai supprimé numpy non-Anaconda, l'erreur a disparu.
pip uninstall numpy
Pour les utilisateurs de cython :
Ce message a été utile. Le message explique qu'il existe un indicateur (--with-fpectl), qui est défini lors de la compilation de cpython ou non. Lorsqu'une bibliothèque a été compilée à l'aide d'un cpython sans cet indicateur, elle est incompatible avec une version avec cet indicateur défini. Cet effet n'apparaît que lorsque vous utilisez cython, car numpy lui-même n'utilise pas cette extension.
Comme indiqué plus loin dans ce post, mon Ubuntu 16.04 a été créé avec ce drapeau et Conda sans lui. Pour moi, c'était spécifiquement le module hmmlearn jetant l'erreur de symbole indéfini. Cela doit être le cas car il a été livré par Ubuntu avec le drapeau défini et non par anaconda. J'ai donc désinstallé hmmlearn et l'ai réinstallé manuellement à partir du code source (Anaconda, malheureusement, n'offre pas hmmlearn). --> Fonctionne !