J'ai enfin trouvé le problème. Lorsque Dbus recherche des fichiers de configuration pour extraire les autorisations (comme les propriétés), le fichier doit non seulement être dans system.d/ mais il doit également se terminer par .conf.
Mon fichier de configuration "org.dbus.arduino" aurait dû être "org.dbus.arduino.conf". J'ai supprimé le code de system.conf. Confirmé que je n'avais plus d'autorisations, créé un fichier de configuration sur "system.d/org.dbus.arduino.conf", j'ai obtenu des autorisations. J'ai ensuite tenté de renommer le fichier en "org.dbus.arduino" et confirmé que les autorisations avaient été refusées.