Utilisez la commande find mais excluez les fichiers dans deux répertoires

Voici une façon de procéder...

find . -type f -name "*_peaks.bed" | egrep -v "^(./tmp/|./scripts/)"

pour moi, cette solution n'a pas fonctionné sur une commande exec avec find, je ne sais pas vraiment pourquoi, donc ma solution est

find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

Explication : identique à sampson-chen one avec les ajouts de

-prune - ignore le chemin de traitement de ...

-o - Ensuite, s'il n'y a pas de correspondance, imprimez les résultats, (élaguez les répertoires et imprimez les résultats restants)

18:12 $ mkdir a b c d e
18:13 $ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
18:13 $ find . -type f -path "./a/*" -prune -o -path "./b/*" -prune -o -exec gzip -f -v {} \;

gzip: . is a directory -- ignored
gzip: ./a is a directory -- ignored
gzip: ./b is a directory -- ignored
gzip: ./c is a directory -- ignored
./c/3:    0.0% -- replaced with ./c/3.gz
gzip: ./d is a directory -- ignored
./d/4:    0.0% -- replaced with ./d/4.gz
gzip: ./e is a directory -- ignored
./e/5:    0.0% -- replaced with ./e/5.gz
./e/a:    0.0% -- replaced with ./e/a.gz
./e/b:    0.0% -- replaced with ./e/b.gz

Voici comment vous pouvez spécifier cela avec find :

find . -type f -name "*_peaks.bed" ! -path "./tmp/*" ! -path "./scripts/*"

Explication :

• find . - Lancer la recherche à partir du répertoire de travail actuel (récursivement par défaut)
• -type f - Spécifiez à find que vous ne voulez que des fichiers dans les résultats
• -name "*_peaks.bed" - Recherchez les fichiers dont le nom se termine par _peaks.bed
• ! -path "./tmp/*" - Exclure tous les résultats dont le chemin commence par ./tmp/
• ! -path "./scripts/*" - Exclure également tous les résultats dont le chemin commence par ./scripts/

Test de la solution :

$ mkdir a b c d e
$ touch a/1 b/2 c/3 d/4 e/5 e/a e/b
$ find . -type f ! -path "./a/*" ! -path "./b/*"

./d/4
./c/3
./e/a
./e/b
./e/5

Vous étiez assez proche, le -name l'option ne considère que le nom de base, où -path considère le chemin entier =)

Utiliser

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o  -name "*_peaks.bed" -print

ou

find \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -false -o  -name "*_peaks.bed"

ou

find \( -path "./tmp" -path "./scripts" \) ! -prune -o  -name "*_peaks.bed"

L'ordre est important. Il évalue de gauche à droite. Commencez toujours par l'exclusion de chemin.

Explication

Ne pas utiliser -not (ou ! ) pour exclure tout le répertoire. Utilisez -prune .Comme expliqué dans le manuel :

−prune    The primary shall always evaluate as  true;  it
          shall  cause  find  not  to descend the current
          pathname if it is a directory.  If  the  −depth
          primary  is specified, the −prune primary shall
          have no effect.

et dans le manuel GNU find :

-path pattern
              [...]
              To ignore  a  whole
              directory  tree,  use  -prune rather than checking
              every file in the tree.

En effet, si vous utilisez -not -path "./pathname" ,find évaluera l'expression pour chaque nœud sous "./pathname" .

les expressions de recherche ne sont qu'une évaluation de condition.

• \( \) - opération de groupes (vous pouvez utiliser -path "./tmp" -prune -o -path "./scripts" -prune -o , mais il est plus verbeux).
• -path "./script" -prune - si -path renvoie vrai et est un répertoire, renvoie vrai pour ce répertoire et ne pas descendez dedans.
• -path "./script" ! -prune - il est évalué comme (-path "./script") AND (! -prune) . Il ramène le "toujours vrai" de prune à toujours faux. Cela évite d'imprimer "./script" comme un match.
• -path "./script" -prune -false - depuis -prune renvoie toujours true, vous pouvez le faire suivre de -false faire la même chose que ! .
• -o - Opérateur OU. Si aucun opérateur n'est spécifié entre deux expressions, la valeur par défaut est l'opérateur AND.

Par conséquent, \( -path "./tmp" -o -path "./scripts" \) -prune -o -name "*_peaks.bed" -print est étendu à :

[ (-path "./tmp" OR -path "./script") AND -prune ] OR ( -name "*_peaks.bed" AND print )

L'impression est importante ici car sans elle est étendue à :

{ [ (-path "./tmp" OR -path "./script" )  AND -prune ]  OR (-name "*_peaks.bed" ) } AND print

-print est ajouté par find - c'est pourquoi la plupart du temps, vous n'avez pas besoin de l'ajouter dans votre expression. Et depuis -prune renvoie vrai, il affichera "./script" et "./tmp".

Ce n'est pas nécessaire dans les autres car nous avons basculé -prune pour toujours retourner false.

Astuce :Vous pouvez utiliser find -D opt expr 2>&1 1>/dev/null pour voir comment il est optimisé et étendu,
find -D search expr 2>&1 1>/dev/null pour voir quel chemin est coché.