https://superuser.com/questions/347560/is-there-a-tool-to-measure-file-difference-percentage a une solution intéressante pour cela,
wdiff -s file1.txt file2.txt
plus d'options voir man wdiff.
Quelque chose comme ça peut-être ?
Deux fichiers, A1 et A2.
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc
vous donnerait combien de lignes différaient. wc donne le total, il suffit de diviser.
Les -b et -B doivent ignorer les blancs et les lignes vides, et -s dit de supprimer les lignes communes.