Essayez :
kill -SIGINT processPIDHere
En gros Ctrl C envoie le SIGINT signal (d'interruption) pendant que kill envoie le SIGTERM (terminaison) par défaut sauf si vous spécifiez le signal à envoyer.
Si vous contrôlez le processus distant de longue durée, vous pouvez installer un gestionnaire de signal pour SIGTERM (voir man signal et man sigaction et les nombreuses questions SO sur ce sujet), pour bien nettoyer avant de mourir.
C'est une chose très courante à faire.
Voici un exemple pour mongod
Pour démarrer le démon depuis la ligne de commande :
mongod &
Puis plus tard
kill -SIGINT `pgrep mongod`
ctrl c envoie juste un signal SIGINT, mais il y a d'autres signaux qui sont un peu plus doux. http://www.gnu.org/software/libtool/manual/libc/Termination-Signals.html
Je pense que vous pouvez utiliser la commande kill pour envoyer un autre signal. (voir man kill pour plus d'informations)