Le plugin linediff pour Vim fonctionne bien pour moi. Sélectionnez visuellement une section de votre fichier et tapez :Linediff . Sélectionnez visuellement l'autre section et tapez :Linediff . Il mettra vim en mode vimdiff, affichant uniquement les deux sections que vous avez mises en évidence précédemment. Tapez:LinediffReset pour quitter le mode vimdiff.
Plus d'informations :
https://unix.stackexchange.com/a/52759/32477
https://superuser.com/a/414958/199800
J'utilise Beyond Compare.
Il vous permet de sélectionner une ligne de chaque côté et de dire "Aligner manuellement". Cela devrait fonctionner parfaitement pour vous.
KDiff3 est open source et disponible sur plusieurs plateformes, dont Win32 et Linux.
Il a la fonctionnalité "d'alignement manuel" discutée par Gishu à propos de Beyond Compare (que je n'utilise d'ailleurs pas personnellement mais qui est considérée comme un excellent outil par de nombreuses personnes que je connais).
Voir cette réponse pour plus d'exemples.